哈尔滨海关的前身为“哈尔滨关”，设立于1907年7月8日，由清政府设立。1929年5月31日，哈尔滨关改为滨江关。1931年“九一八事变”后哈尔滨关被日伪控制，改为“哈尔滨税关”。东北解放后，党和政府十分重视海关工作，机构不断加强。1980年8月1日哈尔滨关改为中华人民共和国哈尔滨海关，为处级海关，由海关总署直接领导。1984年6月9日，哈尔滨海关经国务院批准升格为正厅级海关。2018年4月，原黑龙江出入境检验检疫局管理职责和队伍划入哈尔滨海关。