一、内设机构

    哈尔滨海关设下列15个正处级内设机构：办公室（党委办公室）、法规和综合业务处、关税处、卫生检疫处、动植物检疫处、进出口食品安全处、商品检验处、口岸监管处、统计分析处、企业管理和稽查处、财务处、科技处、督察内审处、人事处（党委组织部）、教育处。

    另设立机关党委（思想政治工作办公室、党委宣传部、党委巡察工作办公室）、监察室（党委纪检组）、离退休干部办公室等3个正处级机构。

    哈尔滨海关政治部。承担干部管理、领导基层党组织建设、开展思想政治工作和文化建设、队伍建设等职责。政治部日常工作由人事处（党委组织部）、机关党委（思想政治工作办公室、党委宣传部、党委巡察工作办公室）等承担。

    哈尔滨海关党委向隶属海关共派驻10个纪检组。

    二、隶属海关单位

    哈尔滨海关下设21个隶属海关单位。

    （一）副厅级隶属海关单位1个：

    冰城海关。

    （二）正处级隶属海关单位20个：

    哈尔滨太平机场海关、齐齐哈尔海关、牡丹江海关、绥芬河海关、东宁海关、佳木斯海关、抚远海关、同江海关、大庆海关、密山海关、虎林海关、饶河海关、嘉荫海关、鹤岗海关、萝北海关、黑河海关、逊克海关、绥化海关、漠河海关、哈尔滨海关风险防控分局。

    三、总关下属事业单位

    中国电子口岸数据中心哈尔滨分中心、哈尔滨海关后勤管理中心、哈尔滨海关技术中心、黑龙江国际旅行卫生保健中心（哈尔滨海关口岸门诊部）、中国质量认证中心哈尔滨海关评审中心。